David Larlet : artisan, contributeur et citoyen.


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★ RDF, l'ADN de notre identité numérique ?

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Il était 6 heures du matin, dans un bateau me menant en Corse (après un voyage épique, ne prenez pas la SNCM !) et j'étais en train de lire la première boucle d'Hominescence décrite par Michel Serres, lorsque j'ai eu une sorte d'illumination biologeek. Avec le recul c'est pas aussi extraordinaire, même si je suis supris de ne pas voir plus de résultats sur RDF et ADN ou DNA dans les moteurs de recherche, pour la peine je vous mets quelques photos.

Marine de Meria, vue de la fenêtre

À l'origine était le triplet

J'essaye de trouver une solution simple pour expliquer RDF depuis un moment et je pense que la métaphore est la meilleure manière de transmettre un concept abstrait. Encore fallait-il trouver celle qui était la plus proche/juste. Pas simple. J'ai bien une piste mais elle requiert d'avoir quelques connaissances en biologie (l'article sur la synthèse des protéines de Wikipedia est un bon départ pour les plus curieux).

Lors de l'expression des gènes, l'ADN est transcrit en ARN puis traduit en une séquence d'acides aminés. Cette dernière étape de traduction utilise le code génétique permettant de faire correspondre chaque triplet à un acide aminé. Or, ces acides aminés sont la base essentielle de la formation des protéines qui nous constituent. L'ordre dans lequel ils sont agencés et la forme qu'ils vont conférer à la protéine grâce à leurs propriétés physico-chimiques déterminent la fonction de cette protéine (restons simples).

Prenons maintenant un profil FOAF, il est constitué de triplets RDF qui ont chacun une signification propre. C'est leur agencement, leurs imbrications qui définissent l'identité numérique. Notre avantage sur le vivant : nous ne sommes pas limités à 4 bases azotées mais à une infinité de vocabulaires appelés ontologies (restons simples ici aussi :-)).

Vous êtes donc une protéine numérique au sein d'une cellule virtuelle.

Marine de Meria, vue de la fenêtre

Ironie du sort, la propriété DNA checksum (présentée ouvertement comme étant une blague !) permet de lier sa séquence d'ADN à son profil FOAF, liant ainsi votre identité biologique à votre identité numérique. Qui sait, peut-être un jour enseignera-t-on « RDF, support de notre information numérique » au même titre que « l'ADN, support de notre information génétique » ?

Cellule, organe et organisme

Et si nous allions plus loin ? Que représente cette cellule virtuelle si ce n'est votre sphère d'influence, votre cercle restreint de connaissances avec lequel vous interagissez au premier degré. Au même titre qu'une protéine, vous interagissez avec ces personnes selon vos affinités (hydrophobicité : Tu bois ce soir ? Non je conduis. Ok, tu me ramènes ?) et vos polarités (les contraires s'attirent parait-il).

Ces cellules pouvant former ensuite des organes thématiques : divertissement, santé, connaissance, etc. Les organes numériques ne sont pas forcément distincts car le virtuel permet de s'affranchir des contraintes d'espace, l'organe des jeux olympiques est par exemple à cheval sur ceux de l'argent et de la politique.

Plage près de Macinaggio

À quel organisme arrive-t-on ? Tout simplement au web. Impossible d'en déterminer la forme, ni le but mais force est de constater qu'il vit, grâce à nous. Battant au rythme de l'actualité mondiale, son débit ne se calcule pas en pulsations par minute mais en terabits par seconde.

Communication et maladies

Il y a divers moyens d'établir des interactions inter-cellulaires. Si on reste dans la métaphore sémantique, REST semble être un bon candidat pour mimer un tel mécanisme avec les différents protocoles d'identification/autorisation requis (leur complexité pourrait faire sourire comparé à ce qu'il se passe dans une cellule).

On peut identifier les cancers, qui sont des proliférations anormales de cellules, à certains phénomènes qui ponctuent l'histoire du web. Un bon exemple est celui de la prolifération des blogs. De la même manière, le virus se propage de cellule en cellule, vérolant l'information de l'intérieur. On n'est pas loin de la définition d'une campagne de buzz avec ses billets sponsorisés...

Port de Bastia, de nuit

Bon après être partis un peu loins, revenons à nos triplets. Peut-on vraiment comparer les triplets que forment les bases azotées aux triplets RDF dans un but pédagogique ? J'en suis convaincu s'il ne faut pas en plus expliquer les concepts de synthèse des protéines sinon ça devient difficile ! J'ai du mal à voir si ça concerne les 3/4 lecteurs que je connais ou si c'est maintenant de l'acquis. À vous de me dire si la courte nuit ayant précédée cette découverte est en cause ou pas ;-).

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Commentaires

Corto le 11/08/2008 :

Evidemment si tu prends la SNCM... c'est à tes risque et périls...

314r le 11/08/2008 :

Bonjour!
L'analogie est très bien trouvée, je reste quand même très dubitatif sur sa capacité à éclairer le grand public...
L'association cancer/prolifération des blogs me gêne un peu également. Pour moi cette prolifération est un phénomène normal, c'est plus un phénomène de croissance qu'un processus tumoral. Le "web sémantique" doit juste venir organiser l'information.
A+

Manuel Vila le 11/08/2008 :

Chouette texte ! L'analogie entre RDF et ADN est très intéressante mais je mettrais cependant quelques réserves. Si l'ADN permet de décrire le vivant, il ne l'explique pas. De même, le RDF peut servir à décrire plein de choses mais cela sera-t-il fonctionnel, ou autrement dit, vivant ?

Sans processus, les données sont mortes, tu en mentionnes quelques-uns avec REST ou les mécanismes d'authentification, mais ce n'est qu'une partie des fondations qui permettront de révolutionner le web. Il reste encore beaucoup à inventer, notamment du côté des processus.

Je m'intéresse davantage aux usages qu'aux technologies, ma réflexion est pratique avant d'être théorique et je vois émerger des processus fondamentaux, comme les mécanismes d'authentification bien sûr, mais pas seulement. Pour réaliser ma "vision" du web (voir la dernière vidéo sur http://frenchblog.kindalab.com), j'ai "besoin" de nombreux autres mécanismes, tels que l'héritage, la souscription, la propagation, les liens retour, les datastores, les datahubs, etc.

Christian Fauré le 11/08/2008 :

Bon, j'ai rien compris...
Mais comme je suis sûr que c'est intéressant, promis je vais lire et relire :-)

David, biologeek le 11/08/2008 :

@Corto : Et oui...

@314r : Concernant les blogs, effectivement on peut voir ça comme une extension, une étape vu qu'elle n'entraine pas la mort de l'organisme mais bien son expansion.

@Manuel Vila : Effectivement je me limite à la description car c'est ce que fait RDF.

Cela dit, je partage ta vision et j'ai visionné avec grand intérêt la vidéo, je ne suis pas d'accord sur tous les points mais on va dans cette direction, c'est une certitude.

Après il ne faut pas mettre la charrue avant les bœufs non plus, je l'ai appris à mes dépends. J'ai déjà du mal à trouver des bibliothèques pour faire ce que j'ai envie actuellement (sans aller vers des agents intelligents) donc si je devais en plus commencer par rédiger les specs je m'en sors plus là !

Et en parler ne suffit pas, il faut du concret pour montrer l'utilité d'une théorie, sinon ça ne restera qu'une théorie et tu auras beau dire dans 5 ans « je l'avais prédit ! » ça n'aura pas fait avancer le Schmilblick d'un yota.

@Christian Fauré : oh noooooo. Bon si vraiment tu t'en sors pas je tente une séance de rattrapage.

Manuel Vila le 12/08/2008 :

Merci David d'avoir pris le temps de regarder ma petite vidéo. Évidemment, tout cela n'a pas grande valeur tant que ça reste au stade de l'idée mais j'espère bien que le rêve se transformera bientôt en réalité ! L'idée, c'était la phase 1, ça va faire presque un an que j'y travaille et je crois que c'est mûr. Je suis donc passé à la phase 2, celle qui consiste à communiquer le plus ouvertement possible pour voir qui ça peut intéresser, qui travaillent sur des projets similaires, qui seraient susceptibles de s'associer à un tel projet, bref, recueillir un maximum de réactions et identifier les forces vives. Malheureusement, pour le moment, ça ne semble pas donner beaucoup de résultats, c'est pas évident de communiquer quand on vient de nulle part. Je vais donc bientôt devoir passer à la phase 3, plus offensive, il s'agira d'aller moi-même à la rencontre des autres, je vais contacter un certain nombre de personnes pour dénicher d'éventuels investisseurs ou collaborateurs, afin de commencer à former une petite équipe de travail.

Laurent CARON le 31/08/2008 :

Il y a pas mal de temps déjà, lors d'un examen pour ma Licence de Science Naturelle à Marseille, j'avais émis l'hypothèse devant une examinatrice, d'une analogie entre l'ADN et la sauvegarde des données en Informatique. Pensant à l'époque que si on pouvais mettre autant d'information dans l'ADN c'est que la nature avait pensé à tout avant nous... j'ai depuis oublié cette idée.

Ton texte d'aujourd'hui me remémore cette histoire.

En tout cas je souhaite que les paysages Corse auront au moins eu l'efficacité de laissé ton cerveau au repos quelque temps...

lo

clovis simard le 10/01/2011 :

Bonjour,

Vous êtes cordialement invité à visiter mon blog.

Description : Mon Blog(fermaton.over-blog.com), présente le développement mathématique de la conscience humaine.

La Page No-6 et No-26, ÉCOSYSTÈMES ! LE BIOLOGIQUE CONDUIT AU NUMÉRIQUE! IL Y A QUELQUE CHOSE EN COMMUN ?

Cordialement

Clovis Simard

Christophe@SEO Draguignan le 23/08/2011 :

J'espere que ton voyage en Corse t'as permis de prendre un peu de repos, car ca a l'air de fumer dur du cote des cellules grises....

Je pense etre un geek, mais j'ai perdu tout contact avec le biolo......